Pues esto me ha pasado recientemente, y por lo visto ocurre al menos en Debian y Ubuntu (otras distros pueden verse también afectadas). Por algún motivo desconocido (porque todavía no tengo la constancia de que haya un fix para esto) sucede lo que se comenta en el título del post: el touchpad deja de funcionar una vez has hecho login en gdm (o el gestor de inicio de sesión que se use).

En este thread de bugs de Ubuntu se proponen varias soluciones que he reagrupado en un script, para quien guste. Efectivamente, recomiendo echarle un vistazo antes de ejecutarlo, puesto que no me hago responsable de nada de lo que pueda pasar :)