Esto al menos es asi para Windows 2000/XP. Desde la "consola" (Inicio/Ejecutar/cmd):

NET TIME /setsntp:servidorntp.undominio.com
NET STOP w32time
NET START w32time

Con eso deberia bastar, si bien no funciona en todos los casos y a veces no queda otra alternativa que reiniciar la maquina para que aplique el cambio. Cuando queramos deshabilitarlo, basta con ejecutar un NET TIME /setsntp sin argumentos, mientras que si queremos consultar el servidor NTP que se esta usando, podemos lanzar un NET TIME /querysntp.